河南农业大学微生物学科始建于1955年，1988年开设应用微生物学本科专业，1993年成为我省第一个微生物学硕士学位授权点，2006年获批发酵工程硕士学位授权点，2007年微生物学科成为省级重点学科。学科现有专任教师21人，其中教授9人，硕士生导师15人，博士生导师4人，此外，学科还有兼职硕士生导师9人。教师队伍中有国家新世纪优秀人才1人，国家食用菌产业技术体系科学家1人，河南省学术技术带头人2人，河南省杰青1人。学科拥有农业部农业微生物酶工程重点实验室、河南省生物催化与生物基产品国际联合实验室、河南省农业生物质转化工程技术研究中心等3个省部级研究平台。
立足于河南省是农业大省和发酵工业大省的实际，学科形成了微生物酶工程、环境微生物学、能源微生物学、食用与药用真菌学四个具有特色的研究方向。微生物酶工程方向紧密围绕具有实际应用需求的微生物酶类开展新酶发现、产酶育种、酶分子改造等系列工作，探索酶结构与功能机制，获得高效酶制剂用于生物质转化及饲料等领域；环境微生物方向重点开展环境有毒污染物的转化与降解，揭示土壤和水体污染的生物修复机理；能源微生物学围绕农作物秸秆生物质的能源转化的重大问题，集成研究玉米秸秆转化为乙醇、丁醇生物能源的菌株选育、预处理、糖化与发酵等环节的技术与工程平台；食用与药用真菌学以食药用真菌生理和发育机理研究为基础，不断挖掘种质资源、创新高效栽培技术、发现天然活性物质，为河南食用菌产量产值双第一提供技术支持。
微生物学科近五年来在国家自然基金、863项目、农业部行业专项、省重点项目等的资助下，在PNAS、JBC、Bioresource Technology、Scientific Reports等期刊发表高影响力学术论文40余篇，授权发明专利15项。同时，学科研究注重与企业实际问题相结合，不断推进新型微生物发酵产品及技术的成果转化，成为河南省发酵产品升级换代、新能源开发、食用菌产业等领域的重要支撑力量。
